Theo công văn 8117/BKH-PC, Bộ Kế hoạch và Đầu tư cho rằng ý kiến phản ánh trên của ông Đinh Trọng Bình là không đúng. Bởi: Khoản 2 Điều 88 quy định bãi bỏ Danh mục lĩnh vực, địa bàn đầu tư ban hành kèm theo Nghị định 164/2003/NĐ-CP; khoản 1 Điều 25 của Nghị định 108/2006/NĐ-CP quy định: "Nhà đầu tư có dự án đầu tư thuộc lĩnh vực, địa bàn ưu đãi đầu tư quy định tại Nghị định này được hưởng ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định của pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp". Như vậy, các ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp được áp dụng theo quy định của pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp dựa trên Danh mục lĩnh vực, địa bàn ưu đãi đầu tư quy định tại Nghị định 108/2006/NĐ-CP.

Về việc ông Đinh Trọng Bình phản ánh theo Nghị định 108/2006/NĐ-CP, Sở Kế hoạch và Đầu tư không còn chức năng cấp Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư, Cục thuế chưa có hướng dẫn thay thế Nghị định 164 nên chưa thể xác định được ưu đãi đầu tư cho doanh nghiệp, Bộ Kế hoạch và Đầu tư trả lời như sau: Luật Đầu tư và Nghị định 108/2006/NĐ-CP không quy định việc cấp Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư riêng nhưng thủ tục ghi ưu đãi đầu tư được thực hiện trong khi cấp Giấy chứng nhận đầu tư. Đồng thời, khoản 1 Điều 38 Luật Đầu tư quy định những dự án đầu tư trong nước không thuộc diện cấp Giấy chứng nhận đầu tư (dự án dưới 300 tỷ đồng và không thuộc lĩnh vực đầu tư có điều kiện) nhưng nếu nhà đầu tư có nhu cầu cấp Giấy chứng nhận đầu tư để ghi ưu đãi đầu tư thì làm thủ tục đăng ký tại cơ quan cấp Giấy chứng nhận đầu tư để cấp Giấy chứng nhận đầu tư, trong đó ghi các ưu đãi đầu tư.

Minh Hằng