Liên quan đến khiếu nại này của doanh nghiệp, được biết, tháng 4/2009, Công ty Hyundai Rotem (Hàn Quốc) trụ sở tại quận Bình Thạnh, TP. Hồ Chí Minh đã có đơn gửi Thủ tướng khiếu nại việc Công ty cổ phần BOO nước Thủ Đức đơn phương chấm dứt hợp đồng và phản ánh một số nội dung phát sinh xung quanh việc vi phạm hợp đồng và các quy định của pháp luật.

Trong năm 2009, Thủ tướng đã có nhiều văn bản chỉ đạo giao cơ quan chức năng xem xét, giải quyết khiếu nại trên. Trong đó, tại văn bản số 6174/VPCP-KNTN ngày 8/9/2009, Thủ tướng đã đồng ý với kiến nghị của Thanh tra Chính phủ về kết quả kiểm tra, xác minh đơn khiếu nại của Công ty Hyundai Rotem tại Dự án đầu tư Nhà máy nước BOO Thủ Đức do Công ty cổ phần BOO nước Thủ Đức, TP. Hồ Chí Minh làm chủ đầu tư. Thủ tướng giao Chủ tịch UBND TP. Hồ Chí Minh chỉ đạo Công ty cổ phần BOO nước Thủ Đức xem xét lại việc phạt chậm tiến độ, thu hồi Bảo lãnh thực hiện Hợp đồng để thực hiện trả tiền Bảo lãnh thực hiện Hợp đồng; hoàn tất các công việc còn tồn tại của Hợp đồng và thanh quyết toán giá trị khối lượng xây lắp mà Công ty Hyundai Rotem đã hoàn thành theo quy định Hợp đồng.

Sau quá trình thực hiện đến tháng 8/2010, UBND Thành phố Hồ Chí Minh đã báo cáo Thủ tướng về kết quả thực hiện chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ xử lý sau kiểm tra, xác minh đơn khiếu nại của doanh nghiệp trên. Kết luận về vấn đề này, Thủ tướng Nguyễn Tấn Dũng yêu cầu Chủ tịch UBND Thành phố Hồ Chí Minh chỉ đạo thực hiện khẩn trương ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng tại văn bản 6174/VPCP-KTNTN.