Thư ký Phân ban là cán bộ cấp Vụ hoặc tương đương thuộc Vụ Quan hệ quốc tế, Văn phòng Chính phủ.
Các thành viên của Phân ban là đại diện các Bộ, cơ quan có hợp tác với Azerbaijan. Căn cứ nội dung từng phiên họp của Ủy ban liên Chính phủ Việt Nam-Azerbaijan, Chủ tịch Phân ban mời đại diện các bộ, ngành, địa phương liên quan tham gia.
Việc tổ chức và các hoạt động của Phân ban phù hợp với Quyết định 258/TTg ngày 29/4/1995 của Thủ tướng Chính phủ về tổ chức và hoạt động của Phân ban Việt Nam trong Ủy ban liên Chính phủ về hợp tác kinh tế, khoa học kỹ thuật và văn hóa với nước ngoài.
Hoàng Diên