Ban Chỉ đạo có nhiệm vụ giúp Thủ tướng Chính phủ: Chỉ đạo xây dựng chiến lược, chủ trương, chính sách, chương trình, kế hoạch, cơ chế và giải pháp trong công tác phòng, chống rửa tiền; chỉ đạo việc triển khai thực hiện nghĩa vụ thành viên của Việt Nam trong Nhóm châu Á-Thái Bình Dương về chống rửa tiền (APG) và kế hoạch tiến tới thực hiện đầy đủ 40+9 Khuyến nghị của Lực lượng đặc nhiệm tài chính về chống rửa tiền (FATF); phối hợp với các lực lượng nòng cốt trong công tác chống khủng bố nhằm nghiên cứu, đề xuất cơ quan nhà nước có thẩm quyền ban hành chính sách pháp luật, chương trình, biện pháp chống tài trợ cho khủng bố trên lãnh thổ Việt Nam.

Ban Chỉ đạo giúp Thủ tướng Chính phủ nghiên cứu, ban hành chủ trương, chính sách về hợp tác quốc tế trong lĩnh vực phòng, chống rửa tiền phù hợp từng thời kỳ.

Ngân hàng Nhà nước là cơ quan thường trực của Ban Chỉ đạo. Trưởng Ban Chỉ đạo ủy quyền cho Thống đốc Ngân hàng Nhà nước thành lập và điều hành Tổ thường trực giúp việc Ban Chỉ đạo.