Để bảo vệ môi trường sông Thị Vải, ngày 11/9/2006, Văn phòng Chính phủ có Công văn số 5035/VPCP-KG thông báo ý kiến chỉ đạo của Phó Thủ tướng Thường trực Nguyễn Sinh Hùng đồng ý kiến nghị của Bộ Tài nguyên và Môi trường về các biện pháp khắc phục ô nhiễm môi trường sông Thị Vải, tạm thời không cho phép đầu tư thêm 5 loại hình công nghiệp có nguy cơ gây ô nhiễm môi trường nghiêm trọng gồm: Chế biến tinh bột sắn, chế biến mủ cao-su, sản xuất hóa chất cơ bản (có phát sinh nước thải công nghiệp), nhuộm, thuộc da; đồng thời hạn chế cấp phép đầu tư 5 loại hình công nghiệp có nguy cơ gây ô nhiễm môi trường cao gồm: Công nghiệp xi mạ, chế biến thủy sản, sản xuất hóa chất bảo vệ thực vật (có phát sinh nước thải công nghiệp), sản xuất phân bón (có phát sinh nước thải công nghiệp) và sản xuất bột giấy trên lưu vực sông Thị Vải.

Tuy nhiên, ngày 20/11/2007, Giám đốc Sở Tài nguyên và Môi trường Bà Rịa - Vũng Tàu vẫn ký Quyết định số 394/QĐ-STNMT phê duyệt báo cáo đánh giá tác động môi trường cho dự án đầu tư xây dựng Nhà máy dệt kim của Công ty TNHH Eclat Fabrics Việt Nam (100% vốn nước ngoài), công suất 6.000 tấn/năm (cho phép nhuộm 10% tổng sản phẩm) tại KCN Mỹ Xuân A2.