Thủ tướng Chính phủ cũng giao Bộ Nội vụ phối hợp với các Bộ, ngành kiến nghị việc tổ chức lại, sắp xếp, giải thể các tổ chức phối hợp liên ngành do đã hoàn thành nhiệm vụ, không hoạt động hoặc hoạt động không hiệu quả; điều chỉnh chức năng, nhiệm vụ của tổ chức phối hợp liên ngành do trùng lắp về nhiệm vụ quản lý nhà nước với các Bộ, ngành hoặc chồng chéo, trùng lắp nhiệm vụ giữa các tổ chức phối hợp liên ngành với nhau.

Theo Quyết định số 34/2007/QĐ-TTg, Tổ chức phối hợp liên ngành có nhiệm vụ nghiên cứu, đề xuất với Thủ tướng Chính phủ phương hướng, giải pháp để giải quyết những vấn đề quan trọng, liên ngành.

Đồng thời giúp Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo, điều hòa, phối hợp giữa các Bộ, cơ quan ngang Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ trong việc giải quyết những vấn đề quan trọng, liên ngành; giúp Thủ tướng Chính phủ đôn đốc các Bộ, cơ quan ngang Bộ, cơ quan thuộc Chính phủ trong việc thực hiện những vấn đề quan trọng, liên ngành. 

Phan Hiển