Phần vốn còn lại của Chương trình thuộc nguồn vốn ngân sách trung ương theo Quyết định số 1151/QĐ-TTg ngày 26/8/2008 của Thủ tướng Chính phủ là 104 tỷ đồng sẽ được bố trí cho các địa phương thực hiện trong kế hoạch năm 2010.

Thủ tướng Chính phủ giao Ngân hàng Phát triển Việt Nam thông báo kế hoạch giải ngân 576 tỷ đồng năm 2009 nguồn vốn vay lãi suất 0% theo tiến độ. Số vốn vay còn lại là 9 tỷ đồng sẽ được giải ngân trong năm 2010.

Bộ Tài chính có trách nhiệm cấp từ nguồn ngân sách trung ương cho Ngân hàng Phát triển Việt Nam để cho vay, bao gồm các khoản sau: 50% trên tổng số vốn Ngân hàng Phát triển Việt Nam cho vay với lãi suất 0%; bù lãi suất và mức phí 0,5% trên số dư nợ của khoản vay lãi suất 0%.

Thủ tướng yêu cầu các tỉnh thuộc Chương trình chủ động bố trí vốn từ nguồn ngân sách nhà nước do địa phương quản lý, lồng ghép các chương trình mục tiêu để đảm bảo tiến độ thực hiện.